В 2017 году Институт принимал участие в выполнении Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014—2020 годы» как исполнитель госконтракта № 14.607.21.0125 «Разработка прототипа прибора для высокоспецифичной детекции биомаркеров на кварцевом резонаторе», научный руководитель Ф.Н. Дульцев.

В 2016 году Институт принимал участие в выполнении Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014—2020 годы» как исполнитель по следующим контрактам:

1. Госконтракт No 14.604.21.0134 «Разработка научных основ технологии выращивания наногетероэпитаксиальных P+/n структур узкозонных полупроводников методом молекулярно-лучевой эпитаксии для матричных инфракрасных фотоприемников и тепловизоров», научный руководитель – д.ф.-м.н. М.В. Якушев;

2. Госконтракт No 14.607.21.0125 «Разработка прототипа прибора для высокоспецифичной детекции биомаркеров на кварцевом резонаторе», научный руководитель – д.х.н. Ф.Н. Дульцев.

3. Госконтракт No 14.613.21.0039 «Создание новых лазерных сред на основе AlGaN гетероструктур, активированных дефектами; исследование их люминесцентных и генерационных свойств и разработка лазерных систем на этой основе синезеленого спектрального диапазона», научный руководитель – д.ф.-м.н. К.С. Журавлев.

В 2015 году Институт принимал участие в выполнении Федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014—2020 годы" как исполнитель по следующим контрактам:

1. Госконтракт №14.604.21.0134 «Разработка научных основ технологии выращивания наногетероэпитаксиальных P+/n структур узкозонных полупроводников методом молекулярно-лучевой эпитаксии для матричных инфракрасных фотоприемников и тепловизоров», научный руководитель – д.ф.-м.н. М.В. Якушев;

2. Госконтракт №14.621.21.0004 «Поддержка и развитие центра коллективного пользования научным оборудованием "НАНОСТРУКТУРЫ" в области индустрии наносистем, информационно-телекоммуникационных систем; транспортных и космических систем», научный руководитель – член-корр. РАН А.В. Латышев.

3. Госконтракт №14.607.21.0125 «Разработка прототипа прибора для высокоспецифичной детекции биомаркеров на кварцевом резонаторе», научный руководитель – д.х.н. Ф.Н. Дульцев.

В 2014 году Институт принимал участие в выполнении Федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014—2020 годы" как исполнитель по следующим контрактам:

1. Госконтракт №14.604.21.0134 «Разработка научных основ технологии выращивания наногетероэпитаксиальных P+/n структур узкозонных полупроводников методом молекулярно-лучевой эпитаксии для матричных инфракрасных фотоприемников и тепловизоров», научный руководитель – д.ф.-м.н. М.В. Якушев;

2. Госконтракт №14.621.21.0004 «Поддержка и развитие центра коллективного пользования научным оборудованием "НАНОСТРУКТУРЫ" в области индустрии наносистем, информационно-телекоммуникационных систем; транспортных и космических систем», научный руководитель – член-корр. РАН А.В. Латышев.

В 2013 году Институт принимал участие в выполнении Федеральной научно-технической программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы" по следующим контрактам:

1. Госконтракт №11.519.11.6037 «Исследование люминесцентных и генерационных свойств синтезированных AlGaN/AlN структур с квантовыми ямами и точками при возбуждении электронными пучками», научный руководитель – к.ф.-м.н. Д.Э. Закревский;

2. Госконтракт №14.512.11.0013 «Разработка и создание с помощью штамповой литографии наноструктурированных биорезорбируемых медицинских полимерных клеточных матриц», головной исполнитель - ФГБУ «ННИИТО» (от ИФП СО РАН д.ф.-м.н. В.Я. Принц);

3. Госконтракт №16.552.11.7091 «Обеспечение центром коллективного пользования научным оборудованием «Наноструктуры» комплексных исследований в индустрии наносистем и науках о жизни», научный руководитель – член-корреспондент РАН А.В. Латышев.

В 2013 году Институт принимал участие в выполнении Федеральной научно-технической программы "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009-2013 годы" по контракту:

4. Госконтракт №14.513.12.0008 «Разработка методов создания многоуровневых микро- и наноразмерных столбчатых структур, обладающих свойствами «сухой» адгезии и обеспечивающих режим многократного «прилипания-отлипания» к твердым поверхностям», научный руководитель – д.ф.-м.н. В.Я. Принц;

5. Госконтракт №14.518.11.7008 «Проведение исследований с использованием уникальных стендов и установок по приоритетному направлению «Энергоэффективность, энергосбережение, ядерная энергетика»», научный руководитель – к.ф.-м.н. Д.Э. Закревский.

6. Соглашение №8028 (заявка 2012-1.1-12-000-2003-047) «Тонкоплёночные гетероструктуры и сверхрешётки на основе графена для широкого спектра применений», научный руководитель – д.ф.-м.н. И.В. Антонова;

7. Соглашение №8228 (заявка 2012-1.1-12-000-1005-0189) «Разработка алгоритмических и программных средств моделирования наноструктур с квантовыми точками на информационно-вычислительных системах», научный руководитель – член-корреспондент РАН А.В. Двуреченский;

8. Соглашение №8879 (заявка 2012-1.5-14-000-2015-002) «Разработка кремниевых электрокинетических фильтров и процессы разделения и детектирования нанообъектов на их основе», научный руководитель – член-корреспондент РАН А.В. Двуреченский.