В Институте действует центр коллективного пользования "Наноструктуры" в котором, проводят исследования различными методами электронной микроскопии атомной структуры, морфологии и химического состава, осуществляется контроль атомарных поверхностей, создаются структуры пониженной размерности для наноэлектроники. ЦКП создан на базе Новосибирского государственного университета и ряда Институтов СО РАН: ИФП, ИК, ИНХ. Руководитель: академик РАН, профессор А.В. Латышев.